Реактор ИБР-2 используется главным образом для пучковых исследований в области физики конденсированных сред (твердых тел и жидкостей), биологии, химии, материаловедения, наук о Земле. На реакторе ИБР-2 имеются также установки для исследований прецессии спина нейтрона, процессов деления атомных ядер и нейтронного активационного анализа.